In TYPO3 wird die Konfiguration, also das TypoScript zusammen mit den Daten in der Datenbank gespeichert.Dies hat Vor- und Nachteile.

Ein Vorteil vom Halten des TypoScripts in der Datenbank ist, dass Änderungen am TypoScript ebenso wie Änderungen an den Inhalten rückgängig gemacht werden können. Außerdem können Änderungen mit dem internen Editor schnell und von überallher vorgenommen werden.

Ein Vorteil der Auslagerung des TypoScript Codes in eine externe Datei ist deren unbegrenzte Länge und die sauberere Trennung zwischen Daten und Programmierung.

Aus Sicht der Sicherheit muss man die zu inkludierenden TypoScriptdateien vor Zugriffen von aussen schützen. Nicht nur muss unbedingt verhindert werden, dass jemand von aussen in diese Dateien schreibt. Man darf auch nicht zulassen, dass diese Dateien gelesen werden können. Sonst kann ein Hacker Ihre gesammte Programmierung einsehen und nach Schwachstellen suchen.

So kann man TYPOScript aus einer Datei inkludieren:
<INCLUDE_TYPOSCRIPT: source="FILE: fileadmin/mein_typoscript.ts">

Man muss auf jeden Fall dafür sorgen, dass bei meine-Domain.com/fileadmin/mein_typoscript.ts nichts angezeigt wird.